В 1992 г. в школе началось обучение слушателей на факультете подготовки и повышения квалификации руководящих кадров ГПС, на котором стала осуществляться подготовка высококвалифицированных специалистов для работы на основных руководящих должностях в управленческом звене аппарата и подразделений ГПС. Выпускники факультета получали второе высшее образование по специальности «Управление в социальных и экономических системах» с присвоением квалификации организатор управления в системе обеспечения пожарной безопасности и аварийно-спасательных работ.
В том же году в ВИПТШ началась подготовка специалистов на базе общего среднего образования с пятилетним сроком обучения из числа лиц призывного возраста.
С 1993 г. ВИПТШ проводила также обучение групп слушателей, уж окончивших различные пожарно-технические училища страны и получивших специальность пожарных техников: пожарные специалисты имели возможность получения высшего инженерного образования.
С 1994 по 1996 г. ВИПТШ руководил генерал-майор внутренней службы Салютин В.А..
Московский институт пожарной безопасности МВД РОССИИ 1996-1999. Руководил МИПБ генерал-майор внутренней службы Кирюханцев Е.Е.- один из ведущих и опытнейших специалистов в области пожарной безопасности.
Решением Министерства внутренних дел Российской Федерации была разработана концепция создания на базе МИПБ Академии Государственной противопожарной службы МВД России, которая и была реализована в 1999 г. постановлением Правительства России.
Академия Государственной противопожарной службы МВД РОССИИ 1999-2002. С 2000 по 2005 г. руководил Академией генерал-лейтенант внутренней службы Мешалкин Е.А..
В 2002 г. в связи с передачей ГПС МВД России в состав Министерства Российской Федерации по делам гражданской обороны, чрезвычайным ситуациям и ликвидации последствий стихийных бедствий – МЧС России Академия переименована в Академию Государственной противопожарной службы МЧС России.
В 2005 г. Академию ГПС МЧС России возглавил генерал-полковник внутренней службы Тетерин И.М.
С 2009 учебного года в Академии наукам комплексной безопасности на договорной основе начали обучаться гражданские лица, еще раз подчеркнув то, что решение вопросов безопасности – широко востребованная обществом деятельность.
С 2010 учебного года подготовка проводится также по двухуровневой системе образования – степеней бакалавр и магистр. Кроме того, в образовательные программы Академии входит адъюнктура и докторантура на базе высшего профессионального образования.
С апреля 2014 года по апрель 2018 года Академию возглавлял генерал-полковник внутренней службы Дагиров Ш. Ш.
В декабре 2018 года Указом Президента РФ на должность начальника Академии назначен генерал-майор внутренней службы Супруновский А. М.
Академия проводит профессиональную переподготовку и повышение квалификации по основным профессиональным образовательным программам. На базе Академии успешно работают Институт заочного и дистанционного обучения, Институт развития и Высшая Академия управления.
Действуют два представительства – в Казани и в Ставрополе.
За годы своей деятельности Академия подготовила многотысячный отряд высококлассных специалистов, которых всегда отличали отличные научные знания, профессионализм, отвага и мужество, как верность лучшим традициям Академии и пожарной охране России.
Более 16 тысяч выпускников за весь период существования Академии (с 1933 года) награждены государственными наградами СССР и России. Среди выпускников вуза - Герой Советского Союза – генерал-майор Телятников Леонид Петрович, награжденный за мужество, героизм и самоотверженные действия, проявленные при ликвидации аварии на Чернобыльской АЭС. Генерал-майору внутренней службы Максимчуку Владимиру Михайловичу, посмертно присвоено звание Героя Российской Федерации за мужество и героизм, проявленные при выполнении специального задания. Полковник внутренней службы Чернышев Евгений Николаевич, которому посмертно присвоено звание Герой Российской Федерации за мужество и героизм, проявленные при тушении пожара и спасении жизни людей, являлся слушателем заочного отделения Факультета руководящих кадров Академии.
За высокий уровень подготовки научно-педагогических и инженерно-технических кадров для МВД Социалистической Республики Вьетнам Академия ГПС МЧС России дважды награждена Орденом Дружбы Социалистической Республики Вьетнам в 1983 (Высшая Пожарно-Техническая Школа) и 2008 годах.
В 1977 году за большой вклад в подготовку научно-педагогических и инженерно-технических специалистов Академия ГПС МЧС России (Высшая Пожарно-Техническая Школа) награждена Орденом Дружбы Венгерской Республики.