В соответствии с Постановлением администрации Брянской области от 13.05.1996 г. № 235 и №290 от 17.06.1996 г. с 1 июня 1996 года УМЦ по ГОЧС Брянской области выведено из состава Главного управления по делам ГО и ЧС Брянской области с образованием юридического лица, как государственного образовательного учреждения (учредителем является администрация Брянской области), находящегося в оперативном управлении Главного управления МЧС России по Брянской области. Курсы ГО городов Клинцы и Новозыбкова становятся филиалами УМЦ области.
Функции и полномочия учредителя УМЦ по ГОЧС Брянской области осуществляет Департамент региональной безопасности Брянской области. Учреждение находится в ведомственном подчинении Департамента региональной безопасности Брянской области, управление осуществляет Главное управление МЧС России по Брянской области.